مایکوتوکسین ها باعث ایجاد اثرات سمی متنوعی بر روی حیوانات می شوند و به همین دلیل، اتخاذ شیوه های مدیریت و کنترل مناسب برای کاهش تأثیر آنها مهم است. این اقدامات شامل نمونه گیری صحیح، روش های تجزیه و تحلیل سریع و قابل اعتماد و انجام اقدامات مناسب بر اساس نتایج است. نمونه‌برداری یکی از حیاتی‌ترین بخش‌های تشخیص است، اما دست کم گرفته شده است.

مایکوتوکسین ها به طور همگن در مواد خام توزیع نمی شوند. بنابراین، اگر نمونه های معرف از قسمت های مختلف فله گرفته نشود، نتایج به احتمال زیاد برای مایکوتوکسین ها منفی خواهد بود و احساس امنیت کاذب ایجاد می کند.

نکته مهم دیگری که باید در نظر داشت وجود همزمان مایکوتوکسین های مختلف در مواد اولیه است. وجود مایکوتوکسین‌های متعدد می‌تواند اثرات افزایشی یا هم افزایی ایجاد کند و تأثیر منفی بر سلامت و تولید را بیشتر از مجموع اثرات فردی کند. علاوه بر این، قرار گرفتن مزمن در معرض غلظت های پایین مایکوتوکسین ها منجر به علائم غیر اختصاصی می شود که ردیابی و ردیابی تا مایکوتوکسین ها دشوار است. در نتیجه، مصرف چند مایکوتوکسین با دوز کم می تواند اثرات منفی شدیدتری بر عملکرد حیوان و خسارات اقتصادی بزرگتری نسبت به دوز سمی حاد داشته باشد.

مایکوتوکسین‌های اصلاح‌شده مشتقاتی از مایکوتوکسین‌ها هستند که توسط قارچ‌ها تولید می‌شوند یا توسط گیاهان آلوده به عنوان بخشی از مکانیسم دفاعی آن‌ها ایجاد می‌شوند. علاوه بر این، تشکیل این مشتقات می تواند توسط فرآیندهای تولید خوراک و متابولیسم میکروبی نیز رخ دهد. هنگامی که مایکوتوکسین اصلاح شده با خوراک مصرف شد، می تواند توسط میکروبیوتا و متابولیسم حیوان به سم مادر تبدیل شود.

مایکوتوکسین‌های اصلاح‌شده اغلب سمیت مشابهی با سموم اصلی خود نشان می‌دهند، اما همچنین می‌توانند کمتر یا حتی بیشتر از سم مادرشان سمی باشند. مایکوتوکسین‌های اصلاح‌شده مشکل‌ساز هستند، زیرا از بسیاری از روش‌های تشخیص تحلیلی پنهان هستند، که منجر به دست کم‌گرفتن سطح آلودگی خوراک می‌شود.